Kaikki pelikortit sisältävät peliä varten vaaditun järjestelmäversion. Tämä mahdollistaa kenen tahansa päivittää vanhemman versionsa kortilla olevaan versioon (jopa ilman internet-yhteyttä).
Korttipäivitykset tuovat päivityksiä vain ydinominaisuuksiin, kuten järjestelmäasetuksiin, HOME-valikkoon jne. Korttipäivitykset eivät tuo päivityksiä Nintendo 3DS Soundiin eikä verkko-ominaisuuksiin, kuten tiedonsiirtosovellukseen, selaimeen, StreetPass Mii Plazaan tai eShopiin.
Tämä tarkoittaa sitä, että korttipäivitys versiota 9.9.0 vanhemmalta versiolta rikkoo [Soundhax](homebrew-launcher-(soundhax))in toiminnallisuuden! Tarvitset [vaihtoehtoisen tavan](homebrew-launcher-(alternatives)) Homebrew Launcherin käynnistämiseen!
Korttipäivitys EI myöskään asenna selainta, jos sinulla ei jo ole sellaista. **Vain** järjestelmän versio päivittyy *(esimerkiksi: 2.1.0-0 → 6.0.0-0)*. Viimeinen luku *(-0)* **ei** muutu.